에이리언과의 싸움에서 간신히 살아남은 리플리는 잠든 채로 57년을 떠돌다 구조선에 의해 구출된다. 회사는 리플리를 비롯한 당시 승무원들이 로스트로모호를 잃어버린 것을 추궁하지만 에이리언 얘기는 믿지 않는다. 이때 지구와 한 혹성 거주민들의 통신이 두절되는 사건이 벌어지자 리플리는 고문 자격으로 해병대와 동행하게 된다. 엄청난 무장을 갖춘 해병대 대원들은 자신의 힘을 과신하고 있었으며, 리플리의 경고는 통하지 않는다.
 혹성에 도착한 해병대원들은 수색을 시작하고, 곧 혹성 거주민들이 에이리언 유충의 산 먹이로 된 것을 목격하고, 곧이어 벌어진 에이리언과의 교전에서 여러 대원들을 잃는다. 그들은 혹성 거주민들의 실험실로 대피하고, 리플리는 이곳에서 거주민들의 마지막 생존자인 뉴트를 발견하게 된다.
 한 대원이 에이리언에 감염되는 바람에 셔틀은 폭발하고, 혹성은 폭발되기까지 카운트 다운에 들어간다. 회사 직원으로 동행한 카터 버크는 에이리언의 샘플을 빼돌리고자 음모를 꾸미는데...