초록 풀빛이 파도를 치는 광활한 대지 위로 거릴 것 없이 질주하는 야생마들의 무리, 그 선두에 뜨거운 눈빛으로 무리를 이끄는 종마 '스피릿'이 거센 대지의 바람을 가르고 있다. 이곳은 누구의 손길도 닿지 않는 미개척시대의 서부. 천국보다 아름다운 대자연 속에서 스피릿은 야생마 무리의 우두머리로 행복한 나날을 보내고 있다. 그러던 어느 날 밤, 고개 너머로 들려오는 하모니카 소리에 취해 스피릿은 무리를 벗어난다. 이 신비한 소리를 쫓아 가던 스피릿은 홀린 듯 다다른 그곳에서 난생 처음 '두 발 달린' 인간과 마주친다. 하지만 신기함도 잠시 뿐, 자신을 잡으려는 그들을 피해 스피릿은 달아나고, 숨막힌 도주에도 불구하고 결국 사람들에게 붙잡힌 스피릿은 기병부대로 팔리게 된다.
  기병부대 요새로 끌려온 스피릿은 자신을 길들이려는 군인들을 차례로 낙마시키며 의기양양해 한다. 하지만 냉혹한 부대장은 물과 먹이를 끊어 스피릿을 굴복시키려 한다. 한편 군인들에게 붙잡혀 요새에 갇혀있던 인디언 청년 ‘리틀 크릭’은 스피릿을 이용해 탈출하려 하고, 스피릿은 두 발 달린 리틀 크릭을 쉽게 믿지 못하지만, 그와 함께 과감히 탈출에 성공한다. 리틀 크릭과 함께 인디언 마을로 온 스피릿은 이곳에서 리틀 크릭의 암말 ‘레인’을 만나 사랑에 빠지고, 리틀 크릭과의 우정도 깊어간다. 그리고 마침내 인디언 마을을 습격하는 기병부대의 공격에 리틀 크릭과 레인, 그리고 스피릿은 위험에 빠지는데.