1963년 12월 22일 오후 12시 30분, 텍사스주, 달라스. 눈부신 햇살를 받으며 달리 풀라자를 달리는 콘버터블 리무진을 향해 세 발의 총탄이 날았다. 첫 총탄은 케네디(John F. Kennedy: 스티브 리드 분)를 명중시키고, 앞자석에 타고 있는 텍사스 주지사 코날리에게 명중하여 나갔다. 다른 한 발은 표적이 빗나가 길에 맞았고 콘스탄트 파편이 튀어 서있던 사람의 뺨에 튀었다. 느리게 움직이고 있던 차가 나무판자 있는 곳에 왔을 때 또 한발의 강력한 총탄이 그의 머리에 명중했고, 대통령의 몸을 뒤로 밀어냈다. 그리고 총격이 있은지 2시간도 채 지나지 않아 24세의 백인 남자가 체포되었는데 해병대 출신의 하비 오스왈드(Lee Harvey Oswald: 게리 올드만 분)는 한때 소련에 망명한 적이 있으며, 그해 여름에는 뉴올리언즈에서 카스트로 지지운동을 하기도 했었다. 그러나 23시간 동안 계속된 수사에서, 오스왈드는 계속 “아무도 쏜 적이 없다”고 주장했다.
  그로부터 2일 뒤, 경찰서에서 호송되던 오스왈드는 텔레비젼으로 중계되는 앞에서 총에 맞아 사망했다. 그를 쏜 것은 잭 루비(Jack Ruby: 브라이언 도일-머레이 분)라는 자로 스트립 쇼를 하는 술집 주인이었다. 그리고 잭 루비 역시 곧 감옥에서 사망했다. 뒤를 이어 대통령이 된 린드 비 죤슨은 국내 여론과 외국의 의심을 무마하기 위해 급히 이 사건을 수사하기 위한 진상조사 위원회를 열었다. 대법원의 얼 워렌 판사를 의장으로 하는 이 위원회에서는 목격자들의 증언을 포함한 여러 자료를 토대로 ‘워렌 보고서’를 작성, 이 사건이 오스왈드의 단독범행이라고 결론지었고, 이 사건은 공식적으로 끝났다.
  그러나 그 뒤로 수많은 학자와 수사관들은 이 위원회의 수사방법에 의문을 제기했고, 자기 나름대로의 수사를 시작했다. 그들 중의 한 사람이 짐 개리슨(Jim Garrison: 케빈 코스트너 분) 검사로 그는 JFK 암살 사건의 배후인물을 재판장에 최초로 세운 사람이다. 이때 게리스 검사에게 새로운 정보를 제공해 주는 X(X: 도날드 서덜랜드 분)라는 인물이 등장한다. 마치 <모두가 대통령의 사람들>에 등장하는 두 기자에게 정보를 제공해 주어었던 딥스 루트같은 인물이다.
  X는 게리스에게 누가, 어떻게 케네디를 죽였는가가 중요한 것이 아니라 “왜 케네디를 죽였는가”가 사건의 본질이라고 얘기하면서 게리슨에게 당신의 승리는 예측할 수는 없지만은 사실을 들어내는 것만으로도 충분한 의미가 있다면서 그를 격려한다. 하지만 게리슨이 유력한 증인으로 법정에 세우고자하는 사람은 차례로 의문사 당하고 게리슨 팀 내에서 조차 내분이 일어날 정도로 게리슨은 곤궁에 처한다. 63년에 일어나 종결 된 지 6년 후인 1969년 게리슨은 JFK 저격사건의 배후 인물로 남부지역에서 입김이 센 경제인 클레이 쇼(Clay Shaw: 토미 리 존스 분)를 기소해서 법정에 세운다.