수세미는 재질에 따라 소독법이 다르다.

아크릴이나 면소재의 수세미를 소독하려면 베이킹 소다와 식초를 섞은 물을 이용한 소독이 효과적이다

 방법은 따뜻한 물과 베이킹소다, 식초를 1:1:1로 섞은 것을 소독할 수세미와 함께 비닐봉지에 넣고 조물조물 주무르기만 하면 된다

 3분 정도 주물러 수세미를 소독한 후 꺼내서 물로 헹구면 된다. 이 방법은 칫솔이나 행주를 소독할 때 사용해도 좋다.

소독한 수세미는 햇볕이 잘드는 곳에 둬서 바짝 말리면 된다. 고기나 생선을 굽는 불판이나 석쇠를 닦는 스테인리스 재질의 수세미는 100℃이상의 끓는 물에 10분 정도 삶아내면 세균을 소독할 수 있다.

수세미를 물에 담가 전자레인지에 2분 이상 돌리는 것도 살균에 효과적이다. 미국 플로리다 대학 연구진이 연구한 결과, 전자레인지에 수세미를 돌렸을 때 2분만에 세균이 99%이상 죽고 대장균은 30초만에 죽는 것이 관찰됐다.

그러나 스테인리스 스틸 재질의 수세미는 전자파를 반사해 불꽃을 일으키므로 전자렌지에 넣고 돌리면 안 된다.

수세미를 선택할 때 세균 오염이 걱정된다면, 두께가 얇은 수세미를 선택하는 것이 좋다. 두께가 얇은 수세미는 건조가 빨라 세균 번식이 상대적으로 적기 때문이다. 수세미 소독은 일주일에 한 번 정도가 적당하다.