형법에 의한 내란·외환죄와 집단살해죄, 군형법에 의한 반란죄와 이적의 죄, '집단살해죄의 방지와 처벌에 관한 협약'에 규정된 집단살해죄 등의 공소시효는 1995년에 제정된 '헌정질서파괴범죄의 공소시효 등에 관한 특례법'에 의해 공소시효가 배제됐다. 특히 1998년 '국제형사재판소에 관한 로마규정' 제정 이후 각국은 반인륜범죄 및 반인도범죄, 전쟁범죄 등에 대해서는 공소시효를 배제하는 쪽으로 법규를 바꾸는 추세에 있다.
그리고 2013년 6월 19일부터 13세 미만의 사람 및 신체적인 또는 정신적 장애가 있는 사람을 대상으로 한 강간죄, 강제추행죄, 준강간 및 준강제추행죄, 강간 등 상해·치상죄, 강간 등 살인·치사죄 등의 범죄를 저지른 경우에는 공소시효가 적용되지 않게 됐다. 이어 2015년 7월 24일에는 살인죄의 공소시효를 폐지하는 내용이 담긴 형사소송법 개정안(이른바 '태완이법')이 통과됐다. 법안은 법정 최고형이 사형에 해당하는 살인죄의 공소시효를 폐지하고 아직 공소시효가 만료되지 않은 범죄에 대해서도 이를 적용토록 했다.