대체복무제도란 징병제를 실시하는 국가에서 현역 입영 대상자 중 일정기준에 해당하는 자에게 기간산업 육성이나 기타 공익 목적을 위해 근무하도록 하고, 그것을 병역의무를 마친 것으로 인정해 주는 제도를 말한다. 즉, 군복무 기간 또는 그 이상을 주로 사회복지시설 같은 곳에서 사회복지요원이나 사회공익요원, 재난구호요원으로 근무하는 것이다.  

우리나라에서는 1970년대 초에 대체복무제도가 도입됐다. 이들은 공익근무요원, 산업기능요원, 의무소방, 경비교도, 상근예비역, 전문연구요원, 공중보건의, 국제협력의, 공익법무관, 징병전담의 등 사회 각 분야에서 일정기간 전투병력이 아닌 다른 방법으로 군 복무를 대신하고 있다. 그러나 이들 역시 4주간의 군사훈련에 임해야 하며, 전역 후 8년간은 유사시를 대비해 예비군 전투요원으로서 소정의 훈련 과정을 거치고 45세까지는 전쟁 발발 시 전쟁에 참여해야 할 의무가 있다.

국가인권위원회가 2005년 12월 종교적 병역 거부를 인정하고 국회와 정부에 '대체복무제' 도입을 권고하면서, 이를 둘러싼 찬반 논란이 일었다. 이후 정부는 2007년 9월, 2009년 초부터 종교적 병역거부자들이 36개월 동안 한센병원이나 결핵병원 등에서 근무하면 병역 이행으로 간주해 주겠다고 발표했으나, 이명박 정부 출범 이후 이 결정이 변경됐다. 국방부는 2008년 12월 대체복무제 도입은 시기상조며, 최종 결정은 무기한 보류한다고 밝혔다. 그러다 2018년 6월 헌법재판소가 종교와 양심을 이유로 군 복무를 거부한 이들을 위한 대체복무를 정하지 않은 병역법 조항에 헌법불합치 결정을 내리면서, 2019년 12월 31일까지 해당 조항을 개정하라고 판시했다. 이후 해당 조항이 명시된 병역법 등의 개정이 이뤄지면서 2020년 1월부터 종교적 신앙 등에 따른 병역거부자들에 대한 대체복무제가 시행됐다. 

헌법재판소가 2018년 6월 28일 종교와 양심을 이유로 군 복무를 거부한 이들을 위한 대체복무를 정하지 않은 병역법 5조 1항 등에 대한 헌법소원 심판에서 재판관 6대3(각하) 의견으로 헌법불합치를 결정했다.

헌재는 현행법상 병역 종류가 군사훈련을 전제로 하고 있고, 대체복무제는 규정하지 않아 양심적 병역거부자의 '양심의 자유'를 침해한다고 봤다. 또 국방력에서 병역자원의 비중이 점차 낮아지고 있고, 엄격한 심사를 통해 병역회피자를 걸러낼 수 있다는 점을 들어 대체복무제 도입에 문제가 없다고 판단했다. 헌재는 병역의 종류를 현역·예비역·보충역·병역준비역·전시근로역 등으로만 규정한 이 조항을 2019년 12월 31일까지 개정하라고 판시했다.

국방부는 2018년 6월 28일 헌법재판소에서 2019년 12월 31일까지 대체복무제를 도입하도록 결정함에 따라 2018년 12월 28일, 헌법 제19조에 따른 ’양심의 자유‘를 이유로 한 병역거부자가 대체복무를 통해 병역의무를 이행하는 방안을 제시한 '병역법 개정안'과 '대체역의 편입 및 복무 등에 관한 법률안'을 입법예고했다. 국방부는 '병역법' 제5조 ’병역의 종류‘ 조항을 개정하여 기존의 병역준비역‧현역‧예비역‧보충역‧전시근로역 외에 여섯 번째 병역의 종류로서 ’대체역‘을 신설하고, ’대체역‘의 심사‧편입‧복무 등에 관한 구체적인 사항은 '대체역의 편입 및 복무 등에 관한 법률'에서 정하도록 법률 제‧개정안을 마련했다. 

개정안에 따르면 대체복무자는 군복무 환경과 가장 유사하게 영내에서 24시간 생활하는 교정시설에서 합숙근무하도록 했으며, 초기에는 교정시설로 단일화하되 제도 정착시 복무분야를 다양화하도록 했다. 복무기간은 현역병(복무기간 단축 기준 18~22개월) 및 공중보건의사 등 다른 대체복무자(34~36개월)의 복무기간을 고려하여 36개월로 정했다. 

한편, 국방부는 2019년 1월 4일 양심적 병역거부라는 용어 대신 '종교적 신앙 등에 따른 병역거부'라는 용어를 사용하겠다고 발표했다. 국방부는 '대체복무제 용어를 둘러싼 불필요한 논란을 최소화하고 국민적 우려를 해소하기 위해 앞으로 양심, 신념, 양심적 등과 같은 용어는 사용하지 않을 것'이라면서 '향후 정부는 이를 대신해 종교적 신앙 등에 따른 병역거부자 대체복무로 용어를 통일해 사용한다'고 밝혔다.

국회가 2019년 12월 27일 양심적 병역거부자에 대한 대체복무역 신설과 관련한 병역법을 통과시켰다.  해당 법안은 병역 종류에 ‘대체역’을 추가하고 교정시설 등 대통령령이 정하는 대체복무기관에서 36개월 동안 합숙 복무하도록 하는 것을 주된 내용으로 한다. 

한편, 2020년 6월 30일부터 양심적 병역거부자의 대체복무(대체역 편입) 접수를 시작으로 대체복무 제도가 본격 시행된다. 대체역 심사위원회의 심의·의결을 거쳐 편입이 결정된 사람은 10월 이후부터 대체복무요원으로 소집, 법무부 교정시설에서 36개월 동안 합숙 복무를 하게 된다. 그리고 복무를 마친 후 8년 차까지 교정시설에서 예비군 대체복무를 하게 된다.