가을 전어는 살이 올라 몸이 통통하고 크다. 비늘이 많이 붙어있고 윤기가 나며, 배 부분이 은백색을 등은 초록빛을 띠고 있는 것이 좋다. 전어는 주로 뼈를 발라내지 않고 통째로 요리해 먹는다. 먼저 전어는 깨끗이 씻은 후 비늘을 벗겨낸다. 비늘 잘 벗기려면 비늘 반대 방향인 꼬리에서부터 머리 쪽으로 긁어낸다. 손질해서 먹을 경우 비늘을 벗기고 머리, 꼬리, 지느러미, 내장을 제거한다. 이때 뱃살 쪽에 있는 검은 막과 피를 완벽히 제거해야 비린내가 나지 않는다. 손질 후 흐르는 물에 깨끗이 씻어 요리에 이용하면 된다.
전어를 바로 먹을 수 없다면 냉장 또는 냉동 보관하면 된다. 냉장 보관할 경우 1~2일 정도 보관하는 것이 적당하다. 장기 보관하려면 소금에 살짝 절여 30분간 둔 후, 흐르는 물에 소금기를 살짝 헹궈준다. 그다음 물기를 닦고 비닐에 한 마리씩 싸서 냉동 보관한다. 손질한 전어는 소금을 뿌리지 않고 한 마리씩 비닐에 싸서 냉동 보관한다.