생 고등어는 아가미와 내장을 제거하고 적당한 크기로 손질한 다음 한 번 조리할 분량만큼 비닐 팩에 담아 냉동실에 넣어 두고 먹는다.
고등어 내장에는 효소류를 많이 함유하고 있어 바다에서 잡아 올리면 바로 이 효소가 고등어 자체의 부패를 가속시킨다. 고등어는 혈합육(붉은 살)을 많이 함유하고 지방질도 다량 함유하고 있어 쉽게 부패되어 식중독을 일으키기도 한다. 고등어의 히스타민이라는 유해 성분이 있어 고등어 회를 잘못 먹으면 복통이나 설사가 생긴다. 특히 산란기인 여름에는 내장에 유독 성분이 만들어지므로 삼가는 것이 좋다.