두부가 어중간하게 남았다면 보관하는 것이 문제. 남은 두부를 수일 내로 금방 먹을 생각이라면 밀폐용기에 두부를 담고 정수된 물을 찰방찰방하게 채워 주는데, 그 위에 소금을 약간 뿌려 간수와 비슷한 환경을 만들어 준 후 뚜껑을 덮어두어야 신선함을 오래 유지할 수 있다. 이렇게 하면 길게는 3일까지 보관이 가능하다. 하지만 쉽게 상할 위험이 있으므로 하루에 한 번 정도는 물을 따라내고 새물로 갈아 주어야 한다.

남은 두부를 바로 먹지 않고 오래 보관할 때는 두부를 으깨어 최대한 물기를 빼고 랩에 싸서 냉동실에 보관하는 것이 좋다. 언두부를 만들어 먹지 않을 바에야, 원래의 모양 그대로 보관했다가는 두부 속의 수분 때문에 얼음 결정이 생겨 탄력은 사라지고 오히려 질겨지기만 할 뿐이다. 냉동한 두부는 그대로 실온에서 해동시켜서 만두소나 나물 무칠 때 곁들이로 사용한다. 아예 처음부터 두부완자 양념을 해서 냉동시켜도 좋다.