달걀은 양쪽 끝 모양이 다른데, 둥근 쪽에는 달걀의 공기주머니인 기실이 있어 세균에 노출되기 쉬우므로 뾰족한 쪽이 아래로 향하게 보관하는 것이 좋다. 어둡고 서늘한 곳에 보관할 수 있다면 어느 정도 실온에 두어도 괜찮지만, 더운 여름철에는 2~3일만 놔두어도 부패가 시작될 위험이 높다. 가급적이면 냉장고에 보관하는 것이 좋다. 조리를 안 한 달걀은 3~5주 냉장보관하는 것이 적당하며, 온도가 낮은 가장 안쪽에 보관하는 것을 추천한다. 낮은 온도에서 보관해야 품질 저하를 최대한 막을 수 있다. 그렇다고 해서 냉동 보관하는 것은 옳지 않다. 껍질에 균열이 생겨 세균이 침투할 수 있다. 완전히 익혀 조리된 달걀은 일주일 정도 보관하는 것이 적절하다.  

물속에 달걀을 넣어보면 그 신선도를 가늠해볼 수 있는데, 물속에서 달걀이 안정적으로 서면 매우 신선한 상태고, 옆으로 누우면 1주일 정도 지난 것을 의미한다. 거꾸로 누우면 신선하지 못한 상태고, 물에 둥둥 뜨면 먹을 수 없다고 봐야 한다. 달걀을 먹을 때 표면의 이물질이 거슬린다면 키친타월로 살짝 닦아 내거나 세제를 이용하지 않고 물로만 살짝 제거하는 것이 좋다. 박박 문질러서 닦으면 보호막인 큐티클 층이 파괴되어 외부의 오염물질이 내부로 들어와 신선도가 떨어질 수 있으니 주의한다.