◇소화기관 자극

공복에 마시는 모닝커피는 소화기관에 악영향을 미친다. 빈속에 커피를 마시면 카페인과 지방산 등 커피 내의 여러 자극 물질이 위 점막을 공격해 위염, 위궤양, 과민성 대장질환 등의 위장질환을 유발할 수 있다. 또 공복 상태에서는 위산이 많이 분비되는데, 커피의 카페인이 위산 분비를 더 촉진한다. 카페인이 하부식도괄약근을 자극해 위산과 음식물이 역류할 위험도 커진다. 이 같은 증상이 악화되면 역류성식도염으로 이어질 수 있다.​

◇과도한 각성 작용

기상 직후 1~2시간 동안에는 코르티솔 호르몬이 가장 많이 분비된다. 코르티솔은 신체 활력을 높여주는 등 천연 각성제 역할을 하는 호르몬이다. 문제는 커피에 들어있는 카페인이 코르티솔과 비슷한 각성 작용을 한다는 점이다. 코르티솔이 많이 분비되고 있는 때에 카페인을 섭취하면 과도한 각성 작용으로 이어져 두통, 가슴 두근거림, 속 쓰림 등의 부작용을 초래할 수 있다. 가천대 연구 결과에 따르면, 모닝커피를 마신 사람이 점심·저녁 시간대에 커피를 마신 사람보다 부작용을 경험할 위험이 2~3배 높았다. 더불어 카페인은 체내 코르티솔 분비 증가에 영향을 미친다. 코르티솔이 지나치게 많이 분비되면 고혈압, 심혈관계 질환, 대사 질환의 위험이 커진다. 코르티솔은 기상 직후뿐 아니라 점심 12~1시, 저녁 5시 30분~6시 30분 사이에도 분비량이 상승한다. 따라서 하루 중 커피를 마시기 적절한 시간대는 기상 1~2시간 후와 오후 1시 30분~5시 정도까지다.

◇치아 변색

모닝커피는 치아 변색의 원인이 될 수 있다. 출근해서 커피를 마신 후 점심 시간까지 양치를 하지 않는 경우가 많기 때문이다. 치아에는 깊은 곳까지 미세한 구멍이 있다. 커피를 마시면 갈색 색소가 구멍 사이로 들어가 치아의 안쪽 층에 착색된다. 만약 마시는 커피가 믹스커피나 시럽이 첨가된 커피라면 변색뿐 아니라 충치도 우려해야 한다. 매일 커피믹스를 마시는 사람이 월 1회 커피를 마시는 사람에 비해 전체 치아가 전체 28개 가운데 19개 이하로 남아 있을 확률이 1.69배 더 높다는 국내 연구 결과가 있다. 커피에 첨가되는 설탕, 시럽, 프림 등은 입 속의 산성 성분을 증가시켜 충치의 원인인 산도를 높이고 세균을 생성한다.​