거대 산업 문명이 붕괴하고, 천년의 세월이 지난 후, 지구는 황폐해진 대지와 썩은 바다로 뒤덮혀 있으며 설상가상으로 부해(腐海: Buhae)라고 불리는 유독한 독기를 내뿜는 균류의 숲이 확장되면서 인류 제2의 종말을 예고하고 있다. 이제 지구상에 남은 건 독성의 균사를 내뿜는 곰팡이들과 '오무'과 같이 거대하게 변질된 곤충류들, 그리고 독을 품은 자연과 맞서 바람계곡에서처럼 여기저기 살아가는 극소수의 인간들뿐. 바닷가에서 불어오는 바람과 더불어 자연을 지배하려 들지 않고, 자연과 교감하며 공동체를 이루며 살아가는 나우시카와 마을 사람들은 퍼져가는 부해의 숲에 위협을 느끼면서도 나름대로의 생활을 영위해 나가고 있다.
  그러던 어느 날, 악명 높은 군사국인 토르메키아 대형 비행선이 거대한 곤충들에게 습격을 당한 채 바람계곡에 추락하게 되고, 불타버린 비행선에는 괴상하게 생긴 붉은색의 거대한 알만이 꿈틀대고 있었다. 알의 정체에 대해 궁금해하던 마을 사람들에게 마을의 원로인 유파는 그 알은 불의 7일동안 지구의 모든 생명체를 태워버린 무시무시한 거신병의 알이고, 토르메키아는 거신병의 부활을 통해 다시 지구상에 자신들의 문명을 일으키려는 음모를 진행 중이었는 얘기를 들려준다. 얼마 지나지 않아 '거신병'의 알을 되찾으려는 '토르메키아' 함대가 바람 계곡으로 들이닥치고, '토르메키아'의 왕 '크사나'는 막강한 군사력을 바탕으로 순식간에 바람 계곡을 점령하게 된다.
  자연을 정복하려 들 수록 자연은 인간을 용서하지 않는다는 사실을 알고 있는 나우시카는 앞으로 닥칠 무시무시한 일들을 예견하며 크사나를 설득하지만, 크사나는 이를 무시한 채 거신병의 부활을 추진시키며 나우시카를 인질로 삼아 함께 토르메키아국으로 돌아간다. 토르메키아로 돌아가던 중 크사나의 함대는 인근 국가인 페지테국 전투기의 습격을 받아 추락하고 나우시카는 페지테국의 아스벨과 함께 독을 내뿜는 포지식물 서식지의 중심으로 떨어진다. 그리고 거기에서 포자식물이 지구를 오염시키고 있는 것이 아니라 오히려 오염된 지구를 정화시켜 흙과 물을 깨끗이 만들고 있다는 비밀을 알게 된 나우시카는 마을로 돌아가 그 사실을 알리려하지만 이미 인간들은 거신병의 부활과 함께 자연과의 전쟁을 시작하고 바람 계곡에는 더이상 자연의 바람이 불지 않고 있었다. 화가 난 오무 무리와 곤충떼는 바람 계곡으로 몰려들고 인류가 살아갈 수 있는 유일한 길은 자연과의 친화 뿐이라는 사실을 알고 있는 나우시카는 자신이 처한 운명을 깨닫고 무섭게 돌진하는 거대한 오무 무리 앞에 자신의 몸을 던지는데...