곰팡이 발생량은 고춧가루가 건고추보다 높게 나타나 건고추 형태로 저장하는 것이 곰팡이 발생 억제에 유리하다. 

또한, 고춧가루는 10℃, 건고추는 0℃에 저장하되 93%의 고습을 피해 69% 이하에서 저장하는 것이 곰팡이 발생을 줄이는 보관 방법이다.